La commune de Matoto  est dirigée par un Conseil communal  composé de quarante-cinq (45) conseillères et conseillers, élus au suffrage universel direct pour un mandat de cinq (5) ans.

Le Conseil communal est l’organe délibérant. Il règle par ses délibérations les affaires de la commune. Il décide de toutes les questions relevant de ses attributions  ainsi que des budgets et comptes administratifs qui sont annuellement présentés par le Maire à travers un vote majoritairement qualifié.

Le Conseil communal de Matoto  a créé en son sein dix (10 ) commissions chargées de l’étude des questions entrant dans ses attributions. Ces commissions sont :

• La commission économique et financière,
• La commission urbanisme et habitat,
• La commission éducation et santé,
• La commission environnement et développement durable,
• La commission gestion du personnel et formation,
• La commission communication, information et sensibilisation,
• La commission action sociale et promotion féminine,
• La commission judiciaire et sécurité,
• La commission jeunesse art sport et culture 
• La commission cooperation décentralisée.   

Le conseil  se réunit en session ordinaire une fois par trimestre soit quatre fois dans l’année. Il peut également se réunir en session extraordinaire sur convocation du Maire, sur demande du secrétaire général ou suite à la demande  de la majorité de ses membres.

La session du Conseil communal est convoquée par le Maire qui préside les séances. Le Conseil communal ne peut siéger que lorsque la majorité de ses membres en exercice assiste à la session. Ses délibérations sont prises à la majorité des votants.

Les délibérations du Conseil municipal sont exécutoires dans les conditions fixées par le  Code des Collectivités locales de la République de Guinée en vigueur..